14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨庶女续弦。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰
福圆美里 世户沙织 田中理惠 名冢佳织 泽城美雪 野川樱 园崎未惠 斋藤千和 小清水亚美 门胁舞以 大桥步夕 植田佳奈 伊藤静 矢作纱友里 加隈亚衣 高森奈津美 原由实 江原正士 佐藤有世 河本启佑 高桥智秋 寺杣昌纪 木岛隆一 乡田穗积